1981年3月，黄景强先生、胡百熙先生和吴毓璘先生获澳门政府批租土地，创办了澳门首间现代大学──私立东亚大学，标志着澳门现代高等教育的开始。东亚大学首任校长为薛寿生教授。大学以“仁义礼知信”为校训，根据英式教育制度，设有预科学院和本科学院。 [6] 

1988年，澳葡政府通过澳门基金会收购东亚大学并进行了重组。

1990年，大学将三年制课程改为四年制。

1991年，东亚大学更名为澳门大学，转为公立大学。

1999年，澳门大学首批推荐直接入选计划的本科生入学并首次获得了研究专利。

2001年，澳门大学重组校董会，委任专职主席。

2002年，澳门特区政府批示成立“澳门大学修章工作小组”，正式启动澳门大学章程的修订工作，并且强调修章的目的是要实现澳门大学的现代化和国际化。

2009年，全国人大常委会通过了《澳门特别行政区对设在横琴岛澳门大学新校区实施管辖》的议案，批准澳门大学在广东省珠海市香洲区横琴岛建设澳门大学横琴校区，并授权由澳门特别行政区依照澳门特区的法律实施管辖；12月20日，时任中华人民共和国国家主席胡锦涛在时任澳门特别行政区行政长官崔世安的陪同下主持新校园奠基仪式。

2013年7月20日，澳门大学新校区正式按澳门特区法律实施管辖；11月5日，新校区正式启用。

2014年8月，澳门大学完成迁校，正式迁入位于横琴岛的新校区，新校园在行政区划上被纳入氹仔区域，法定地址为澳门氹仔大学大马路。

2019年5月，澳门大学工商管理学院获得国际商学院联合会（简称AACSB）认证，成为澳门第一所荣获该会认证的商学院。 

2019年12月，澳大工商管理学院获工商管理硕士协会（AMBA）国际认证。 

2020年3月，澳门大学与中国科学院海洋研究所举行签署仪式，成立海洋环境与工程联合实验室。

2020年4月，澳大工商管理学院获欧洲管理发展基金会（EQUIS）认证。

2020年7月10日，成为“粤港澳高校智慧校园联盟”发起单位   。

2022年3月24日，澳门大学语言学研究中心揭牌仪式举行。 [72] 

2022年10月21日，联合复旦大学、南开大学和中山大学共同发起成立“中国旅游教育合作联盟”。