图尔库大学的渊源可以追溯到1640年建立的图尔库皇家学院，该学院于1827年因图尔库大火而搬到首都赫尔辛基。

1640年，土尔库皇家科学院的成立促进了地土尔库地区与其它外国大学的学者交换。土尔库大学成立后，继续注重国际合作与学生交换。不仅其科研项目与国外合作由来已久，土尔库大学还与其它大学签定了教学合作协议，如与在土尔库市的奥布瑞典语大学和土尔库财经学院联合提供国际硕士课程。

2010年，作为芬兰高等教育改革的一部分，图尔库大学与图尔库经济学院合并，组成新的图尔库大学。